Dalam suatu pengembangan wilayah tentu tidak terlepas dari berbagai kendala yang dapat menghambat berjalannya proses pengembangan suatu wilayah. Kendala-kendala tersebut meliputi berbagai masalah, antara lain kendala pada bidang pertanian, perkebunan, perikanan, peternakan, perikanan, permukiman, industri, pertambangan dan pariwisata. Selain itu pada umumnya kendala potensi perekonomian di Kabupaten Kediri adalah karena kurangnya infrastruktur dan pendukung fasilitas layanan lainnya. Berikut mengenai gambaran berbagai kendala yang dialami oleh Kabupaten Kediri dalam rangka pengembangan wilayahnya.
a. Kendala Potensi Pertanian di Kabupaten Kediri
Penggunaan tanah di Kabupaten Kediri sebagian besar pada digunakan sebagai tanah pertanian, baik merupakan persawahan pertanian tanaman keras maupun perkebunan. Pemanfaatan lahan pertanian khususnya tanaman pangan menghadapi permasalahan yaitu tingginya ketergantungan kehidupan penduduk terhadap tanah pertanian sehingga timbul pemanfaatan lahan tanpa memperhatikan kaidah-kaidah konservasi tanah. Hal ini dapat mempercepat penurunan daya dukung lahan dan kualitas lingkungan. Sementara itu lahan pertanian saat ini banyak mendapat tekanan dengan adanya perluasan kawasan permukiman di perkotaan.
Selain itu kendala potensi pertanian yang ada di Kabupaten Kediri pada umumnya adalah berkaitan dengan banyaknya hama yang menyebabkan gagal panen atau hasil produksi menurun. Selain itu kurangnya variasi jenis tanaman di Kabupaten Kediri sehingga menyebabkan harga jual hasil produksi masih rendah.

b. Kendala Potensi Perkebunan di Kabupaten Kediri
Kendala yang dihadapi oleh Kabupaten Kediri dalam potensi perkebunannya adalah keterbatasan dana untuk masyarakat kecil atau perkebunan rakyat dalam hal perawatan, penanaman dan penjualan hasil produksi. Umumnya hasil produksinya masih dalam bentuk mentah tanpa pengolahan lebih lanjut yang dapat meningkatkan harga jual sebagai upaya peningkatan produksi dari hasil perkebunan.
Sedangkan masalah lain yang turut mendapat perhatian adalah yang berhubungan dengan pengelolaan limbah perkebunan yang banyak menyebabkan polusi lingkungan, serta permasalahan yang berkaitan dengan usaha peningkatan kesejahteraan perekonomian petani.

c. Kendala Potensi Perikanan di Kabupaten Kediri
Potensi perikanan di Kabupaten Kediri baik itu perikanan darat atau budidaya (kolam) sangat baik. Apabila sumber hayati ini tidak diperlakukan dengan baik, dalam waktu dekat akan menghasikan banyak permasalahan baru. Permasalahan yang ada dalam kawasan perikanan adalah pola pemanfaatan sumber yang tiidak merata, sehingga akan terjadi kekritisan sumber hayati perikanan. Selain itu harga dari produksi perikanan yang masih rendah dimana untuk biaya pakan ikan dan pemeliharaan yang cenderung tinggi, sedangkan untuk harga penjualan cenderung rendah/turun. Disamping itu pemasaran yang masih lokal, dan keterampilan dari tenaga kerja (SDM) yang masih kurang merupakan penyebab rendahnya produksi perikanan Kabupaten Kediri.

d. Kendala Potensi Peternakan di Kabupaten Kediri
Masalah yang terdapat pada sektor peternakan di Kabupaten Kediri yang ditinjau berdasarkan hasil produksi potensi yaitu ayam potong, sapi perah dengan hasil produksi yang dapat diubah menjadi keju, dimana untuk masalah yang banyak timbul yaitu pada produksi keju dan susu adalah sebagai berikut:
 Produksi keju dan susu kurang dikonsumsi karena harga jual yang mahal.
 Adanya barang-barang impor yang lebih murah.
 SDM yang masih perlu pembinaan.
 Peluang pasar yang masih kecil.
 Perkembangan kawasan terbangun sehingga peternakan jenis ini mulai tergusur.
 Mahalnya harga pakan ternak dan obat-obatan ternak turut menghambat peningkatan produksi dari sektor peternakan.

e. Kendala Potensi Kehutanan di Kabupaten Kediri
Permasalahan seputar potensi kehutanan di Kabupaten Kediri adalah bahwa seluruh potensi hutan yang belum termanfaatkan secara optimal. Selain itu belum ketatnya pengawasan terhadap hutan menjadikan hutan-hutan di Kabupaten Kediri rawan dari penebangan hutan secara liar yang dapat membahayakan kelestarian hutan di Kabupaten Kediri. Adapun uuntuk masalah-masalah yang ada pada sektor kehutanan di Kabupaten Kediri meliputi masalah dalam produksihutan dan masalah pada kawasan wisata. Dimana untuk masalah produksi hutan antara lain: kenaikan akan harga komoditas kayu yang secara tidak langsung akan memancing tindak pelanggaran hutan secara sporadis, terbatasnya aparat keamanan di sektor kehutanan. Sedangkan untuk hambatan pada kegunaan pariwisata meliputi kurang lengkapnya sarana dan prasarana menuju objek wisata, misalnya di Ironggolo Kecamatan Mojo.

f. Kendala Potensi Pariwisata di Kabupaten Kediri
Potensi pariwisata di Kabupaten Kediri belum dimanfaatkan sebaik mungkin. Kendala yang paling signifikan adalah kurangnya sarana dan prasarana pendukung yang mencukupi serta kurangnya perawatan pada daerah pariwisata. Selain itu juga kurang dikenal oleh masyarakat luas potensi pariwisata lainnya karena kurangnya promosi yang dilakukan oleh pemerintah. Permasalahan-permasalahan dalam sektor pariwisata ini adalah:
 Kurangnya keterpaduan perencanaan
 Kurangnya SDM terampil
 Kurangnya peran serta dari masyarakat
 Kurangnya pelestarian lingkungan
 Masih langkanya cinderamata di tiap-tiap objek wisata
 Persaingan mendapatkan wisatawan mancanegara yang besar
 Kurangnya mutu produk dan pelayanan

g. Kendala Potensi Industri di Kabupaten Kediri
Potensi industri di Kabupaten Kediri telah mengalami perkembangan yang cukup baik, namun hal tersebut tidak membuat sektor industri di Kabupaten Kediri terlepas dari masalah-masalah penghambat kemajuan sektor industri tersebut. Sektor industri di Kabupaten Kediri juga mengalami permasalahan yang dapat menghambat produktivitasnya, permasalahan tersebut antara lain adalah:
 Kurang tersedianya bahan baku industri dan tenaga kerja yang siap pakai.
 Masalah pengembangan kawasan industri dikaitkan dengan perkembangan di Kabupaten Kedirimaupun pemanfaatan lahan tidak subur juga perlu mendapat perhatian dalam penataan ruang Kabupaten Kediri.
 Belum adanya kawasan industri dan minat investasi yang besar untuk pengembangan kawasan industri, sehingga perlu penyediaan lokasi dan prasarana lebih lanjut.

h. Kendala Potensi Pertambangan di Kabupaten Kediri
Kegiatan pertambangan di Kabupaten Kediri pada umumnya termasuk pertambangan bahan galian golongan ‘C’ dimana bentuuk pengusahaannya merupakan kegiatan penggalian. Penggalian bahan tambang yang ada saat ini adalah bahan galian untuk industri, bahan bangunan, dan bahan galian unntuk membuat keramik. Kegiatan penggalian cukup serius menimbulkan dampak terhadap pelestarian alam, saat ini belum tampak tetapi perlu adanya pembatasan-pembatasan untuk menghindari meluasnya kerusakan lingkungan akbat usaha-usaha pertambangan. Masalah-masalah yang dihadapi dalam upaya pengembangan dan eksploitasi bahan-bahan tambang ini antara lain:
 Sebagian besar lokasinya berada tersebar secara sporadic, sehingga menyulitkan dalam upaya penambangan dan pengangkutannya.
 Kualitas bahan tambang yang kurang memenuhi syarat, sehingga perlu syarat lain yang berakibat rendahnya harga barang tambang yang ada.
 Kurangnya tenaga ahli di bidang pertambangan sehingga hasilnya kurang optimum.
 Terbatasnya teknologi, modal, dan data mengenai bahan pertambangan itu sendiri.
 Usaha yang dilakukan oleh masyarakat dalam skala kecil sering sukar dikendalikan dan dikontrol kegiatannya.

i. Kendala Masalah Kependudukan di Kabupaten Kediri
Kondisi penduduk merupakan tolok ukur penyediaan ruuang untuk kegiatan suatu wilayah, kawasan, maupun suatu daerah. Elemen-elemen kependudukan merupakan indikator yang harus dimengerti dalam mengetahui tingkat perkembangan kawasan, dan untuk pengaturan terhadap elemen kependudukan tersebut terlebih dahulu diketahui masalah yang ada mengenai aspek kependudukan itu sendiri. Adapun masalah kependudukan yang terdapat di Kabupaten Kediri meliputi:
 Masih banyaknya tenaga kerja pengangguran dan setengah pengangguran.
 Masih kurangnya keterampilan dan pengetahuan kaum wanita.
 Angka kenakalan remaja yang semakin meningkat.
 Produktivitas yang masih rendah.
 Tingkat pendidikan masyarakat yang masih rendah.

j. Kendala Masalah Lingkungan Hidup di Kabupaten Kediri
Ditinjau secara fisik, wilayah Kabupaten Kediri menunjukkan bahwa sebagian wilayah Kabupaten Kediri merupakan daerah dataran rendah, sedangkan selebihnya adalah daerah pegunungan dan perbukitan. Kabupaten Kediri juga memiliki curah hujan yang cukup tinggi, yaitu diatas 1300mm/tahun dan meliputi hampir seluruh kecamatan. Hal inilah yang mendorong secara umum permasalahan yang sering muncul di Kabupaten Kediri adalah daerah aliran sungai yang meintasi wilayah Kabupaten Kediri yang selalu menimbulkan banjir sehingga cukup besar pengaruhnya terhadap kondisi fisik daerah sekitarnya.
Sedangkan masalah yang ada kaitannya dengan pelestarian sumber daya air antara lain:
 Menurunnya fungsi hutan sebagai sumber cadangan dan penahan terjadinya erosi dan banjir sebagai akibat dari penebangan hutan secara liar.
 Berubahnya peralihan fungsi kawasan lindung untuk kepentingan pelestarian konservasi tanah dan air sehingga menyebabkan hilangnya sumber air.
 Terjadinya tumpang tindih antara keperluan lahan untuk kepentingan sumber air dan untuk keperluan pembangunan.
 Banyaknya sampah dan polusi air lain yang mencemari sebagian besar sumber air di Kabupaten Kediri.