Permasalahan penataan ruang yang dihadapi di Kota Malang adalah :
1. Kondisi Fisik
Berdasarkan kondisi fisiografi Jawa Timur, Kota Malang termasuk dalam Zona Pegunungan Selatan yang terdiri dari dataran tinggi yang dikelilingi oleh perbukitan dan pegunungan. Beberapa puncak pegunungan tersebut diantaranya adalah Gunung Anjasmoro, Gunung Arjuno di bagian Utara, Gunung Kawi dan Gunung Batok di bagian Barat, serta Gunung Semeru dan Gunung Bromo di bagian Timur. Lereng - lereng pegunungan tersebut, umumnya membentuk perbukitan yang makin melandai mendekati Kota Malang. Lembah – lembah yang terbentuk diantara pegunungan umumnya sempit, cukup dalam dengan tebing curam hingga terjal dan berbentuk V. Pada dasar lembah – lembahnya terdapat alur – alur sungai yang merupakan anak – anak sungai Brantas yang melintasi Kota Malang membujur dari arah Barat – Utara menuju kearah Selatan kota.
Selama 10 tahun terakhir ini perkembangan fisik bangunan pada umumnya telah berkembang dengan pesat, namun sejauh ini belum diketahui secara pasti bagaimana dampak lingkungan yang ditimbulkan dari perubahan lahan tersebut. Bagi sebuah ekosistem, faktor keseimbangan alam harus diperhitungkan dengan cermat, sebab apabila terjadi ketidakseimbangan alam, maka dampaknya akan mempengaruhi satu dengan yang lainnya dan pada akhirnya dapat menyebabkan prosentase bidang resapan air dalam tanah menjadi berkurang, permukaan tanah yang berupa perkerasan dan bangunan tidak memberikan kesempatan air untuk meresap ke dalam tanah namun hanya mampu mengalirkan air permukaan saja (run off). Dengan demikian apabila musim penghujan datang, semakin besar pula volume air yang harus ditampung dan disalurkan untuk dibuang kesaluran riol kota dan akhirnya ke sungai – sungai yang ada.
Dalam perkembangannya daerah resapan air di wilayah Kota Malang, antara lain : resapan air yang ada di belakang Museum Brawijaya dan saluran sementara yang membentang di sepanjang jalan Jakarta – jalan Gede dan jalan Pulosari, sudah hilang namun pada kenyataanya telah berdiri kawasan permukiman mewah dan juga terdapat beberapa pertokoan di belakang Museum Brawijaya, kemudian saluran – saluran sementara di jalan Jakarta juga telah diurug, sehingga fungsi resapan telah hilang. Dengan demikian Kota Malang yang dahulu tidak pernah terjadi banjir, saat ini fenomena yang terjadi adalah apabila musim penghujan datang, jalan menjadi tergenang dan di beberapa tempat terjadi banjir (walaupun banjir ini hanya sebentar, menunggu pengaliran air hujan ke anak – anak sungai yang ada), seperti di daerah Stadion Gajayana, di jalan Raya Ijen, jalan Patimura, daerah perumahan Sawojajar, jalan Sukarno Hatta, dan sebagainya.
Pada sisi lain juga banyak masalah lingkungan seperti semakin berkurangnya ruang terbuka hijau kota, berkembangnya industri, perdagangan, serta berbagai aktivitas lainnya. Perkembangan ini membawa dampak pada penurunan kualitas lingkungan hidup, suhu makin panas, dsb.

2. Disparitas Pembangunan
Dalam kurun waktu 10 tahun terakhir ini perkembangan pembangunan fisik dan prasarana kota telah berkembang dengan pesat, namun perkembangan tersebut tidaklah dapat dirasakan merata di seluruh pelosok kota. Terjadi pertumbuhan pembangunan fisik yang terpacu dengan pesat di sisi Utara dan Barat hingga menembus wilayah Kabupaten Malang, sementara di sisi yang lain perkembangan pembangunan fisik berjalan lambat yaitu pada sisi Timur dan Selatan kota. Akibatnya terjadi penumpukan beban pergerakan pada wilayah yang berkembang pesat dan hal ini menyebabkan terjadinya inefisiensi dalam pergerakan lalu lintas sehari-hari.
Hal itu dapat juga dilihat dalam hal kepadatan, dimana pada salah satu kecamatan yaitu Kecamatan Klojen terdapat Kelurahan Samaan yang kepadatan penduduknya mencapai 219 jiwa/Ha, dilain pihak terdapat satu kecamatan yaitu Kecamatan Kedungkandang (kawasan Buring) yang kepadatan penduduknya relatif rendah yaitu 35 jiwa/Ha. Disini jelas terlihat ketidakseimbangan beban kepadatan dan pertumbuhan yang sangat besar di pusat kota dan bagian-bagian wilayah tertentu, dibandingkan dengan wilayah lain terutama di Kecamatan Kedungkandang, dimana wilayah ini dapat dikatakan perkembangannya sangat lambat.

Bagi perkembangan Kota Malang, lokasi kawasan Buring menjadi sangat prioritas mengingat kesenjangan pertumbuhan pembangunan dan kemiskinan di daerah tersebut, selain posisinya menjadi sangat penting dalam struktur kota. Salah satu alternatif untuk memecahkan masalah tidak meratanya kepadatan penduduk, kemiskinan dan keterbelakangan di daerah ini adalah dengan mengembangkan kawasan tersebut sebagai pusat pembangunan pemukiman dalam skala besar berikut dengan fasilitas penunjangnya, sekaligus mengembangkan kawasan tersebut sebagai daerah sub-pusat perdagangan di wilayah timur Kota Malang.

Kendala lain yang dihadapi pada saat ini adalah keadaan topografi kawasan Buring yang berbukit-bukit dengan curah (ceruk) yang cukup dalam, pada musim penghujan berfungsi sebagai saluran drainase alam, keterbatasan sumber air bersih dan juga penyediaan sarana dan prasarana yang masih sangat terbatas di daerah ini, mengakibatkan investor yang hendak mengembangkan di kawasan ini harus mengadakan prasarana infrastrukturnya sendiri. Pada saat ini sebagian besar kawasan digunakan sebagai daerah pertanian ladang tadah hujan, kebanyakan ditanami sayur-sayuran (seperti lombok, jahe, kencur, kunyit, dan sebagainya) dan jenis tanaman keras yang lain (pohon nangka, dan lainnya).

Disamping rencana realisasi pembangunan jalan arteri primer terusan jalan toll Gempol - Malang yang tertunda, aksesibilitas masuk ke daerah ini sangat terbatas. Sementara itu lintasan Jl. Zainul Zakse dan Jl. Juanda masih dipenuhi oleh pedagang kaki lima dan barang-barang loakan, menyebabkan akses yang melewati jalan ini menjadi terhambat dan kurang representatif. Sejauh ini sudah ada sekitar 4 (empat) investor yang sudah mengawali untuk mengembangkan kawasan permukiman, namun sejak kondisi krisis moneter akhir-akhir ini derap pembangunan di daerah ini nampaknya mulai terasa agak surut.

3. Sistem Jaringan Transportasi
Sistem jaringan transportasi yang ada di Kota Malang adalah sistem transportasi darat, yakni angkutan jalan raya dan angkutan kereta api. Sisten jaringan jalan raya

utama di Kota Malang membentuk pola radial kosentris, dengan tumpuan utama jalan penghubung antar kota yang berkembang menjadi jalan utama antar wilayah fungsional. Adapun beberapa permasalahan sistem jaringan jalan yang dapat diidentifikasi di Kota Malang adalah sebagai berikut :
 Jalan yang direncanakan untuk mengantisipasi pergerakan regional dalam bentuk jalan arteri primer yang merupakan perpanjangan jalan toll Gempol - Malang dengan toll-gate di Kecamatan Singosari, terus masuk ke arah selatan Kota Malang melalui sebelah barat Perumahan Sawojajar, terus ke selatan melalui Mayjen Sungkono, sampai dengan Terminal Gadang sampai saat ini belum ada tanda-tanda untuk terealisasi (belum terbangun). Sehingga penumpukan pergerakan kendaraan berat lintas regional sampai saat ini masih memanfaatkan Jl. Raden Intan, Jl. R. Panji Suroso, Jl. Letjen Sunandar Priyosudarmo, Jl. Tumenggung Suryo, Jl. Panglima Sudirman, Jl. Gatot Subroto, Jl. Laks. Martadinata, Jl. Kol. Sogiono, terus ke selatan melewati Terminal Gadang. Kita ketahui bahwa daerah Jl. Gatot Subroto, Jl. Laks. Martadinata dan Jl. Kol. Sugiono juga telah berkembang menjadi kawasan perdagangan dan pertokoan, perkantoran serta pergudangan. Sehingga kemacetan dan kesemrawutan lalu lintas menjadi pemandangan sehari-hari di lintas jalan ini.
 Demikian pula penumpukan pergerakan lalu lintas juga terjadi pada lintasan jalan arteri sekunder dari arah barat menuju pusat kota, yakni dari Terminal Landungsari, Jl. Raya Tlogomas, Jl. MT. Haryono, Jl. Panjaitan, Jl. Brigjen Slamet Riadi dan bertemu dengan Jl. Basuki Rahmat – Jakgung Suprapto. Peningkatan fungsi guna lahan di sekitar pasar Dinoyo, Kampus Unisma dan Kampus Unibraw menyebabkan tingginya volume pergerakan, terutama pada jam-jam puncak, makin rendahnya kecepatan bahkan cenderung macet dan kesemrawutan lalu lintas semakin meluas.
 Penumpukan pergerakan lalu lintas juga terjadi pada lintasan jalan kolektor sekunder yakni dari Jl. Raya Langsep, Jl. Galunggung, Jl. Gajahyana, bertemu dengan Jl. MT. Haryono. Peningkatan fungsi guna lahan di sekitar Kampus Unmuh, Kampus ITN dan Kampus Unibraw, serta munculnya ruko-ruko baru di Jl. Galunggung menyebabkan timbulnya kemacetan di kawasan ini. Selain itu jalan kolektor sekunder ini direncanakan masuk kompleks Kampus Unibraw dan terus ke Jl. Sukarno-Hatta, Jl. Terusan Borobudur ke arah Pasar Blimbing.
 Tingkat penumpukan pergerakan yang memusat juga menyebabkan daerah alun-alun, sekitarnya terutama pada Jl. Merdeka Utara, Jl. Merdeka Timur, Jl. Merdeka Selatan menerima beban kemacetan lalu lintas, hal ini merupakan peristiwa yang terjadi sehari-hari terutama pada saat malam minggu. Selain itu juga peningkatan fungsi guna lahan untuk daerah perdagangan dan pertokoan serta perkantoran yang semua terkonsentrasi di daerah sekitar alun-alun Kota Malang.

4. Masalah Perkembangan dan Pemerataan Ekonomi Wilayah Kota
Perkembangan kota sangat dipengaruhi oleh perkembangan dan kebijaksanaan ekonomi. Dengan kata lain, perkembangan kota pada dasarnya adalah wujud fisik perkembangan ekonomi. Kegiatan ekonomi sekunder dan tersier, seperti perdagangan dan jasa saat ini di Kota Malang cenderung untuk berlokasi di pusat kota dan jalan-jalan protokol tertentu, karena faktor urbanization economic yang secara sederhana diartikan sebagai kekuatan yang mendorong suatu kegiatan usaha untuk berlokasi di pusat-pusat kota sebagai pusat pasar (market), tenaga kerja ahli, prasarana produksi dan lainnya, yang pada gilirannya sangat menunjang kegiatan itu beroperasi lebih efisien. Kekuatan ini kemungkinan besar tidak ditemukan di wilayah-wilayah pelosok apalagi pusat-pusat pedesaan. Dengan demikian tidaklah mengherankan bila investor lebih suka menanamkan modal/usahanya di pusat-pusat pelayanan kota.

Semakin memusatnya kegiatan ekonomi pada akhir-akhir ini akan meningkatkan kebutuhan akan sarana dan prasarana penunjang termasuk diantaranya adalah utility kota. Sehingga dalam jangka waktu yang tidak terlalu lama fenomena yang terjadi cenderung akan meningkatkan disparitas antara pusat kota dengan wilayah-wilayah pelosok dan perbatasan kota, baik disparitas dalam prasarana dan sarana termasuk diantaranya adalah utility kota maupun pertumbuhan kegiatan usaha serta fasilitas penunjang kelengkapan kota lainnya.

5. Masalah Pengendalian dan Pemanfaatan Ruang
Perkembangan Kota Malang yang sangat pesat sudah tentu akan membawa konsekuensi pada peningkatan akan permintaan lahan untuk berbagai kegiatan usaha maupun permukiman. Pengembangan permukiman umumnya menggunakan lahan yang belum terbangun, baik berupa sawah, tegalan ataupun lahan kering lainnya. Pada kawasan yang lain, yakni pada kawasan terbangun justru tampak gejala perkembangan yang berbeda, yakni pada sekitar lokasi yang strategis terjadi perubahan guna lahan dari kegiatan yang kurang produktif menjadi kegiatan yang lebih produktif, misalnya dari perumahan menjadi pertokoan, dari pertokoan menjadi super blok (plaza, supermarket, departemen store, dan sebagainya), bahkan peningkatan kegiatan melalui intensifikasi yang tinggi dimana kegiatan ini dapat bersifat multifungsi. misalnya pada bangunan-bangunan plaza di pusat kota (mempunyai berbagai fungsi kegiatan, pertokoan, supermarket, perkantoran dan sebagainya dalam satu blok bangunan).

Pada sisi yang lain juga terdapat kondisi dimana kompleks perumahan baru yang sedang dibangun juga mendirikan ruko pada pusat permukimannya (misalnya Griyashanta dan Sawojajar). Kegiatan ini juga dapat berkembang secara penetratif ke arah sekitarnya sehubungan dengan trend, dan meningkatnya kegiatan ekonomi perkotaan. Dengan demikian maka dapat diperoleh gambaran bahwa kegiatan yang memiliki orientasi ekonomi akan memiliki kecenderungan mencari lokasi yang tingkat aksesibilitasnya tinggi dan memiliki sentris terhadap konsumen. Pola ini mengakibatkan pada kawasan yang strategis (misalnya di pusat kota dan pada jalur utama kota) akan menjadi ajang persaingan penggunaan untuk kegiatan yang memiliki intensitas tinggi.
Apabila kegiatan ini berlangsung terus menerus, maka penggunaan lahan dan intensitasnya tentu akan sukar dikendalikan dan arahan pengembangan kota menjadi kurang sesuai dengan rencana yang telah ditetapkan. Lebih lanjut dapat dikatakan bahwa upaya pengendalian dalam pemanfaatan ruang di perkotaan harus dikontrol dengan ketat dan seksama, serta terpadu dalam arti ada wilayah yang sudah saatnya harus dikendalikan secara ketat, secara fleksibel dan adaptif terhadap kebutuhan perkembangan Kota Malang.