A. BENTHIC (BENTOS)
Limnologi yang merupakan ilmu yang mempelajari air daerah pedalaman, yermasuk lingkungan dan organisme penghuni serta hubungannya yang bersifst timbale balik. Di dalamnya dibedakan dalam antara bentos (organisme yang tumbuh pada bahan di dasar aie atau di dalam di dasar itu, yang dapat memiliki sifat benthic) dan plankton yang terapung bebas serta nekton yang berenang-renang secara aktif. Pada bentuk-bentuk alga pada dasar air yang bebas maupun melekat yang biasanya lebih kecil dan mencakup bentos, karena tumbuh-tumbuhan itu keseluruhannya merupakan bagian boimassa yang cukup besar dalam perairan.
Bentos istilah berasal dari Yunani untuk "kedalaman laut". Benthos adalah organisme yang hidup, dalam, atau di dekat dasar laut, juga dikenal sebagai zona benthic. Mereka tinggal di atau dekat sedimen laut lingkungan, dari kolam pasang surut di sepanjang tepi pantai, ke benua rak, dan kemudian turun ke kedalaman abyssal. Banyak organisme beradaptasi dengan tekanan air dalam tidak dapat bertahan hidup di bagian atas kolom air. Perbedaan tekanan bisa sangat signifikan (sekitar satu atmosfer untuk setiap 10 meter kedalaman air). Karena cahaya tidak menembus sangat dalam air laut, sumber energi dalam ekosistem benthic sering bahan organik dari lebih tinggi di kolom air yang melayang turun ke kedalaman. Ini masalah mati dan membusuk benthic memelihara rantai makanan; paling organisme di zona benthic pemulung atau detritivores.
Dalam oseanografi, geologi laut dan biologi, adalah organisme bentos dan habitat dasar laut; dalam biologi air tawar mereka adalah organisme dan habitat dari bagian bawah danau, sungai, dan anak sungai. Milik hewan bentos kadang-kadang disebut sebagai zoobenthos, sedangkan tanaman yang disebut sebagai phytobenthos
Benthos dapat dikategorikan berdasarkan ukuran:
• macrobenthos, size > 1 mm macrobenthos, ukuran> 1 mm
• meiobenthos, size < 1 mm and > 32 µm meiobenthos, ukuran <1 mm dan> 32 μm
• microbenthos, size < 32 µm microbenthos, ukuran <32 μm
Tetapi juga sesuai dengan tempat tinggal mereka:
• tinggal di endobenthos endapan
• hidup di atas endapan
• tinggal tepat di atas endapan
B. EKOSITEM BENTOS
Sumber makanan utama bagi bentos adalah plankton dan organik air hujan dari daratan. Kedalaman air, suhu dan salinitas, dan jenis substrat lokal semua mempengaruhi apa bentos hadir. Pada perairan pantai dan tempat-tempat lain di mana cahaya mencapai bagian bawah, benthic photosynthesizing diatom dapat berkembang biak. Penyaring pengumpan, seperti spons dan pelecypods, mendominasi keras, dasar berpasir. Pemakan deposit, seperti polychaetes, mengisi dasar lembut. Ikan, bintang laut, siput, cephalopods, dan udang-udangan penting predator dan pemulung.

Benthic organisme, seperti bintang laut, kerang, kerang, teripang, bintang rapuh dan anemon laut, memainkan peran penting sebagai sumber makanan bagi ikan dan manusia.
Wilayah perairan merupakan media yang rentan terhadap pencemaran. Berbagai jenis pencemar baik yang berasal dari sumber perumahan, industri, gejala alam, dan lainnya banyak memasuki badan air. Setelah terakumulasi maka secara langsung ataupun tidak langsung pencemar tersebut akan berpengaruh terhadap kualitas air.
Zoobentos merupakan hewan yang sebagian atau seluruh siklus hidupnya berada di dasar perairan, baik yang sesil, merayap maupun menggali lubang. Organisme yang termasuk makrozoobentos diantaranya adalah: Crustacea, Isopoda, Decapoda, Oligochaeta, Mollusca, Nematoda dan Annelida. Klasifikasi benthos menurut ukurannya : Makrobenthos merupakan benthos yang memiliki ukuran lebih besar dari 1 mm (0.04 inch), contohnya cacing, pelecypod, anthozoa, echinodermata, sponge, ascidian, and crustacea. Meiobenthos merupakan benthos yang memiliki ukuran antara 0.1 - 1 mm, contohnya polychaete, pelecypoda, copepoda, ostracoda, cumaceans, nematoda, turbellaria, dan foraminifera. Mikrobenthos merupakan benthos yang memiliki ukuran lebih kecil dari 0.1 mm, contohnya bacteri, diatom, ciliata, amoeba, dan flagellata.
Hewan bentos hidup relatif menetap, sehingga baik digunakan sebagai petunjuk kualitas lingkungan, karena selalu kontak dengan limbah yang masuk ke habitatnya. Kelompok hewan tersebut dapat lebih mencerminkan adanya perubahan faktor-faktor lingkungan dari waktu ke waktu karena hewan bentos terus menerus berada dalam air yang kualitasnya berubah-ubah.
Keberadaan hewan bentos pada suatu perairan, sangat dipengaruhi oleh berbagai faktor lingkungan, baik biotik maupun abiotik. Faktor biotik yang berpengaruh diantaranya adalah produsen, yang merupakan salah satu sumber makanan bagi hewan bentos dan interaksi spesies serta pola siklus hidup dari masing-masing spesies dalam komunitas. Adapun faktor abiotik adalah fisika-kimia air yang diantaranya: suhu, arus, oksigen terlarut (DO), kebutuhan oksigen biologi (BOD) dan kimia (COD), serta kandungan nitrogen (N), kedalaman air, dan substrat dasar.
Makrozoobentos dapat bersifat toleran maupun bersifat sensitif terhadap perubahan lingkungan. Organisme yang memiliki kisaran toleransi yang luas akan memiliki penyebaran yang luas juga. Sebaliknya organisme yang kisaran toleransinya sempit (sensitif) maka penyebarannya juga sempit. Makrozoobenthos yang memiliki toleran lebih tinggi maka tingkat kelangsungan hidupnya akan semakin tinggi. Tingkat pencemaran terhadap perairan dapat dilihat dengan identifikasi makrozoobenthos yang terdapat di wilayah tersebut